El documental Lo visible y lo invisible. La Sinagoga del Agua integra una geometría sagrada que forma parte de la estructura física y metafísica del proyecto. 

Una de esas geometrías es "la Flor de la Vida", patrón fundamental que se encuentra en todo el cosmos. Cada círculo que compone esta figura simboliza la TOTALIDAD Y LA DIVINIDAD.

LA Flor de la vida es como una plantilla que incluye, en sí misma, otros símbolos de gran fuerza. 

Estos símbolos son: 

**Vésica Piscis, que simboliza el Sagrado Femenino. El umbral entre el alma y el mundo material, y está relacionado con el baño ritual o Mikvé, pues es como un Útero y nos invita a RENACER.  

**Árbol de la vida, símbolo cabalístico que también forma parte del documental, pues las esferas o sefirots del árbol componen el mapa del ser y una de sus esferas, Binah representa el principio femenino.

El documental se desarrolla geométricamente en fractales de esa flor, pues no sigue una forma lineal, o por lo menos no una forma clásica de definir la historia. Cada tema tratado forma es un fractal de esa semilla de la vida, y forma parte a su vez, de un todo. La historia, la geometría, las energías, la piedra, el agua, la luz, vertebran una red de información que tiene su propio peso específico en el documental, cincelando una estructura en lo visible, pero también en lo invisible. El grafismo, para los nombres de los declarantes ha escogido también la Flor de la Vida, como rosa de los vientos de este viaje, de lo visible hacia lo invisible. 

Otra geometría, presente en la Sinagoga del agua se apoya en la Estrella Pitagórica, de 5 puntas, que es el símbolo sagrado de la armonía del cuerpo y del espíritu. Para que represente la perfección y la conexión máxima con lo divino tiene que estar en posición correcta, con la punta hacia arriba, y las otras dos puntas en la tierra. 

Los maestros de la piedra basaban sus enseñanzas secretas en las Pitagóricas (585-565 a C) En el Pitagorismo medieval consideran que la geometría canaliza y concentra las energías en un lugar. Por eso la matemática y la geometría son los pilares fundamentales de ello. Y por ende, ayudan a "despertar el espacio"

Finalmente, la Estrella de 6 puntas, llamada Estrella de David, también presente en la geometría de la Sinagoga del agua, representa dos triángulos. El que mira hacia arriba es el triángulo del cielo y el que mira hacia abajo, el de la tierra. Es la unión, por tanto, del cielo y la tierra y un poderoso símbolo de protección, que tiene sentido en la geometría del lugar.